名侦探柯南之瞳孔中的暗杀者于2000年上映。名侦探柯南之瞳孔中的暗杀者也被叫做瞳孔中的暗杀者。

连续两位东京警视厅的现任刑事惨遭杀害，而遇害的两位刑事都手握警察手册气绝身亡。
这意味着甚么？是对付警察的恐怖行为、或是过激派的暴行？
警视厅正对此凶杀案件有关的人事物及警察组织内部着手进行搜查。
而巨大组织的内部秘密却如高墙般不可窥探！
江户川柯南与小五郎前往警事厅向目暮警官、白鸟警官查询有关杀人事件的情报，
但是友善的俩人却以此事不可告之而拒绝了。
在小五
郎努力追问下，却得到白鸟警官一句：「Need
not
to
know〔不需要知道〕……」
这是警察之间所用的密语，也就是说杀人事件与警察
内部组织有关！
小兰也遭魔掌袭击……
小五郎
、柯南和多名警察参加白鸟警部妹妹的婚宴，席间突然停电，小兰和女警佐藤都在化妆室中，
正当小兰拿起身旁的手电筒时枪
声却响起，佐藤女警为掩护小兰而挨枪，听到枪声的小五郎等人涌入化
室时犯人却已不着痕迹地脱逃了，这时，小兰却因承受不了佐藤
女警重伤昏迷的打击，从此丧失了所有的记忆！
Need
not
to
know
一连串的杀人事件与隐藏在警察组织内部的秘密使得柯南开始着手调查两者间线索的关联。为了保护小兰的生命，以及唤回小兰对工藤新一的记忆，柯南誓死也要将此精心策划完全犯罪的凶手绳之以法！

出演名侦探柯南之瞳孔中的暗杀者的明星有山口胜平, 山崎和佳奈, 神谷明, 茶风林, 高山南。