变蝇人2于1989年上映。变蝇人2也被叫做变蝇人II, The Fly II。

上集中因实验失事变成苍蝇的科学家，留下遗腹子，被一个科学研究机关收养。机关主任待他如己出，养父与养子之间感情融洽。但养父其实是把养子当研究对象，同时利用他的头脑，解答他生父留下的问题：如何把一个物件分解成粒子，传送到另一个空间去。养父给养子一个高级居室，但暗地里装置录影机，侵犯他的隐私，录下他与女朋友做爱的经过，并且把他的女友赶走，全面控制他的生命。该青年成长到某年龄，也开始变形。养父早计算到这一步，遂静观其变，作为研究。养子终于逃走，他逃走前已找到解救自己的方程式，并把研究计划的电脑操作软件用一个暗码锁住。养父派人把他抓回来，盘问他的暗码。已经变成怪物的他进行反击，把养父的党徒消灭。最后，他抓了养父一起走进物件分解传送器，利用养父人类的遗传密码把自己变回人，把养父变成怪物。他发动分解传送器时，打开电脑操作软件的暗码原来是一个字：'爹'(DAD)。

出演变蝇人2的明星有吉娜·戴维斯, 杰夫·戈德布拉姆。