双面女间谍第3季(2003)的海报和剧照
双面女间谍第3季于2003年上映。双面女间谍第3季也被叫做双面女间谍第三季, Alias Season 3。
第一集：重返CIA（The Two）
住在香港一处安全屋的西德妮见到了沃恩，他说两年前的大火中威尔得以逃生，而她被确认“死亡"。现在的沃恩成了一名老师，受CIA派遣来接西德妮回国。她袭击了沃恩逃出安全屋，与两名守卫的CIA特工展开搏斗，最后还是被沃恩制服。
西德妮在斯塔福德的海军医院醒来，见到了迪克松，他现在成了她所在特工小组的负责人。威斯叫走了迪克松，并告诉他特工斯科特-金斯利（Scott Kingsley）拿到了芯片，正在前往阿维尼翁的火车上。迪克松返回后告诉她，承蒙国家安全局高级长官罗伯特-林赛（Robert Lindsey）的允许，一年多来杰克始终独自一人。
火车到达里昂，一个枪手杀害了金斯利，拿走了芯片。CIA认为，芯片上是一种不易被发现的无人驾驶侦查机的示意图，可以用来发射生化武器。
西德妮见到了马歇尔和怀孕的Carrie。她告诉迪克松，自己被关在盟约组织巴黎基地时曾听说过金斯利的名字，他是最近8个被谋杀的CIA探员之一。林赛坚持要西德妮参加这次行动，她同意了，但提出条件要见父亲。
西德妮见到了戴着手铐的杰克，原来他因为违反命令，联络CIA第6号通缉要犯爱琳娜而受到指控。他力劝西德妮挽回她在CIA的清誉，并继续他对她失踪的调查。他说自己有证据，所以相信她还活着，他还说沃恩不值得她难过。
第二集：继任（Succession）
柏林，直升飞机吊走了一部电梯，里面困着两位CIA特工。看到西德妮没有被洗脑，杰克很满意，他劝她不要向CIA承认她杀了Lazarey。威斯帮助西德妮搬进了新家，他告诉她沃恩不愿回到CIA。
特工小组得知，前次的绑架事件是一个俄罗斯国家下属的盟约组织所为，如果他们的要求得不到满足，就会处死人质。西德妮自愿前往慕尼黑一家成人影院接头。迪克松通知她有一个治疗小组专门诊治失忆的人。杰克对她说，她被火化后沃恩把她的骨灰撒进了大海。
在电影院里，西德妮打开包，里面赫然是一颗CIA特工的人头，嘴里塞着一张纸条，要用萨克交换另一名特工。西德妮反对，但林赛说萨克不再有秘密了，他根据斯隆提供的情报认为他们想杀死萨克。
西德妮去找当了法语教师的沃恩。她想要他重回CIA，沃恩说，得知她的死讯后，他的情绪失控并开始酗酒，但他表示虽然很爱她，却毫不后悔自己现在的生活。杰克怀疑斯隆与西德妮的失踪有关，但他否认了。
第三集：重聚（Reunion）
一个火球从天而降，烧毁了莫斯科的Gorky公园。CIA，迪克松解释说，火球是一个坠落的卫星，差点激发俄罗斯的原子核反应。Echelon系统截获了萨克和Boris Oransky的对话，后者是制造卫星的法国公司的一名雇员，他和萨克讨论了“第二阶段"进行。迪克松派人跟踪萨克。西德妮认为应该逮捕他，但沃恩和劳伦都持反对意见。杰克告诉西德妮NSC掌握了一卷Lazarey被杀时图像模糊的录像，并再次告诫她不要承认。杰克和劳伦、马歇尔一起观看了录像，马歇尔要求72小时把图像处理得更加清晰。
墨西哥，西德妮乔装打扮，跟踪萨克和Oransky来到一家咖啡馆。Oransky把照片和密码交给萨克，还提到了“Medusa"一词。萨克离去后，西德妮被发现，Oransky趁乱逃走。
西德妮告诉威斯她想起在SD-6的时候听过Medusa。
第四集：卧底（A Missing Link）
西德妮和杰克看了录像带，Lazarey死前说出“Julia"这个名字。
几个人从法国传染病实验室偷走了四瓶埃博拉病毒，其中一人受到感染被抓获，劳伦和西德妮审问了这个名叫Laszlo Bogdan的人。他说盟约组织准备把病毒进行变异，他们小组的负责人叫Simon Walker，是个心狠手辣的自由杀手，他们还将执行第二次抢劫任务。迪克松决定派西德妮扮成安全专家打入Walker的小组进行跟踪。沃恩交给西德妮一支伪装成口红的追踪器。在塞维利亚化过装的西德妮与Walker接上头，他叫她Julia，并表示十分想念她。见过小组其他成员后，他们要考考她，让她去偷希腊王妃150克拉的钻石项链，Walker给她七分钟，西德妮成功完成任务。
在回国的飞机上，沃恩问他“Julia"的事，她没有回答，接着承认因为劳伦的关系她不能相信他。回到CIA，她考虑承认自己的罪行。
第五集：旧情（Repercussions）
西德妮要杰克激活她放在沃恩身上的传送器，随后她闯进Simon Walker的房间，发现他已经把生化武器卖给了萨克，他吻过她后两人分了手。
威斯找到了沃恩，在医院里，西德妮告诉劳伦自己是为了救沃恩的命才用刀刺伤他，劳伦十分气愤。CIA在乌拉尔山找到了向监狱发射生化武器的飞机。他们注意到萨克救走了唯一的幸存者：非洲最大的军火贩子Abasi Bomani。
几年前斯隆曾告发过Bomani，所以CIA决定从他那里弄到更多情报。在前往墨西哥城的飞机上，劳伦施压要西德妮调到另一个区，西德妮不买帐，与她针锋相对。他们来到斯隆的家却眼睁睁看着他被萨克和Bomani绑架。怕吃苦头的斯隆说，他可以让Bomani的生意合法化。
劳伦为自己的威胁向西德妮道歉。一天夜里，沃恩梦到了西德妮，她和他缠绵接吻，接着用刀捅了自己，惊醒后看见睡在身边的人是劳伦。
第六集：复仇（The Nemesis）
斯隆告诉西德妮盟约组织的下一步行动用编码写在一个网站的图片里。西德妮告诉他她永远不会相信他，杰克也不会当他是朋友。
CIA，迪克松说盟约组织正在寻找可以和俄罗斯发射控制同步的装置，以便进入核军工厂。设计装置的Robert Lang做了易容术出逃，他将在米兰的一个夜总会从Heinrich Strauss那里拿到新的身份证明。盟约组织想抓住Lang和装置。迪克松派西德妮担任斯隆的上司，她极不情愿地同意了。得知艾莉森-多伦还活着，西德妮发誓要亲手杀了她。萨克和艾莉森在斯特拉斯堡重续前缘，她解释说，她和西德妮搏斗后，盟约组织发现了她，经过半年的康复期她开始为他们工作，她发誓要西德妮为自己留下的伤疤付出代价。
林赛告诉劳伦俄罗斯方面传来的情报可能导致了Lazarey的被杀，那就是盟约组织在俄罗斯政府里有内奸。他要劳伦严守秘密，派她去莫斯科和消息人接头。劳伦没有对沃恩说实话，他给了劳伦一个数据库，里面是Lazarey的电话记录，他提议说通过追踪电话也许能找到凶手。
西德妮化装成欧洲游客来到米兰，沃恩通过她项链里的X光相机监看。萨克和艾莉森出现了，Lang拿到了文件，趁艾莉森杀死Strauss时逃跑，最终还是被她拦住，艾莉森杀死他之前拔掉了他的一颗牙齿。西德妮发现尸体，艾莉森把她打晕。
第七集：前兆（Prelude）
西德妮从噩梦中惊醒，拉掉了神秘伤口上稀奇古怪的管子。她向CIA精神专家请教记忆恢复程序，医生让她见了Kenneth Blake，他恢复了记忆，结果失去了正常的心智。
墨西哥警方抓住了Simon的男仆Javier，他提供情况说，一个CIA特工被恐怖分子利用，杀害了一位俄罗斯外交官。
CIA，斯隆说出盟约组织要他参加一个中国政府的仪式，为的是偷取数据。中国想在卫星上安装一个微波激光器，作为暗杀武器，可以让目标人物好像是自然死亡。他想让西德妮陪他一起去破坏数据文件。西德妮可以联络马歇尔毁掉主板上的系统。
沃恩和劳伦去墨西哥找Javier谈话，杰克建议沃恩阻止这次调查，沃恩不同意，他说劳伦前去是他们最好的机会，可以让西德妮的秘密不被NSC识穿。西德妮和斯隆扮成情侣出席了北京的舞会。她偷偷装配了一辆玩具汽车，由马歇尔远程控制跟着一名卫兵进入了保安系统。斯隆劝说西德妮和他跳舞作为掩护，马歇尔关掉了系统。西德妮打了斯隆一记耳光，造成情侣间纠纷的假相。
杰克买通墨西哥警方拘留了沃恩和劳伦，他们获释后发现Javier已经死在牢房里，表面看来像自杀。沃恩警告杰克，如果胆敢再让妻子身陷危险，一定要杀了他。杰克告诉沃恩，也许现在他才懂得了一个人为了所爱的人会做出妥协。
第八集：逃离魔鬼营（Breaking Point）
西德妮被关进国家安全局一处秘密的禁闭营，受尽拷问。她和另一名犯人Campbell成为了朋友。迪克松因为隐瞒了西德妮的秘密负全责，但林赛释放了他。劳伦指责沃恩帮助一名逃犯，他说林赛收黑钱，她不相信他的话，和林赛一起去华盛顿观看西德妮的审问。
沃恩去找杰克，后者告诉他斯隆会帮助他，做得好像是盟约组织试图营救出西德妮一样。他们找来8个雇佣兵成立了一个小组，准备从联邦应急管理局大楼偷出禁闭营的蓝图。
对西德妮所受的拷问，劳伦毫不知情，林赛施压要她写出他们对西德妮公平处理的报告。他说他会威胁要西德妮接受记忆恢复手术，强迫她译解出在罗马她桌子下面的一条信息。他向劳伦保证这只是威胁而已。
遭受拷问时西德妮偷了一枚曲别针，劳伦怀疑西德妮遭到毒打，林赛恐吓她说要告发沃恩协助过西德妮的行为。西德妮用别针打开锁，杀死了拷打她的人，逃出营地。劳伦亲眼目睹警卫殴打西德妮。
杰克和沃恩以300万的酬劳请来老将Brill出马。
第九集：梦境（Conscious）
西德妮等一群人躲在仓库里，商量伪造一个盟约组织帮助她逃跑的计划：劳伦回去告诉林赛自己从盟约手里逃出来，但他们还扣着西德妮，要求交换Rambaldi装置。斯隆将向林赛证实事情的真实性；杰克和沃恩说在调查西德妮的下落。为了更逼真，劳伦需要装出受到虐待的样子，西德妮趁机报了仇。
斯隆要西德妮和一位耶鲁大学的研究者Edward Brazzel博士联络，他发明了一种非攻击性治疗长期健忘症的方法。林赛让FBI以妨碍联邦调查为由逮捕了迪克松，他怀疑劳伦的说法，但同意用Rambaldi换回西德妮。
西德妮去了实验室，看到古里古怪的Brazzel和助手。他相信梦境包含了记忆的内容，通过多种危险药物，他会让西德妮的大脑进入了栩栩如生的梦境。一旦进入这种状态，西德妮就会沿着最后的记忆之线追溯以前的事。
西德妮用药后进入了混合着过去和现在记忆的梦境。她记起和弗兰茜搏斗后，被三个戴面罩的人捉住，他们给她注射了药物，然后把她带进了47号房间，劳伦出现了试图勒死她；记忆倒回到童年，她在切生日蛋糕，后来看到一张陌生男人的脸。
第十集：记忆残片（Remnants）
西德妮把自己的梦告诉了杰克，她和威尔在她以前的寓所里，有一个谷物盒叫St. Aidan。杰克建议她和作为证人被保护起来的威尔联络。Brezzel相信，西德妮失踪时记忆被抹掉了。
西德妮去了威斯康辛看望威尔，满腹怀疑的他用枪对准她，她证明了自己的身份，两人终于拥抱在一起。
斯隆受到林赛的压力，以50万的价格达成了在布宜诺斯艾利斯暗杀西德妮的交易。 林赛怀疑杰克和沃恩的诚实，还讲西德妮的坏话，被杰克痛打一顿。被关禁闭的杰克建议沃恩为了西德妮，疏远她。
西德妮告诉威尔，艾莉森-多伦还活着，正在为盟约组织工作。威尔想起St. Aidan是一个老情报联系人的代号，安排了在华沙与他见面。与此同时，萨克袭击了正在实验室的 Brezzel并给他用了吗啡。Brezzel透露西德妮准备和威尔联系。St. Aidan见到了威尔，原来是Lazarey，他拒绝讨论盟约组织的事。西德妮让威尔说是Julia Thorne让他来的。萨克突然出现，用麻醉枪击中Lazarey，西德妮和威尔逃脱。
第十一集：谜底（Full Disclosure）
马歇尔还没来得及完成对Rambaldi立方体的分析，就被特别调查部的特工拿走。
西德妮注射了镇静剂后被送上飞机，见到了Kendall，他透露自己并非FBI，而是特别调查部的人，盟约组织伏击他的小组拿到了Rambaldi立方体。他说他知道西德妮失踪两年间发生的事，是她要自己保持沉默。Kendall说，被“埋葬"9个月后西德妮逃出了盟约组织之手，从罗马给他打来电话，说她被神经毒素所麻痹，从一辆卡车的后面目睹了自己的葬礼。拷打她的人Oleg Madrczyk，把西德妮的DNA注入了尸体的牙齿，造成身份被认错。随后她被送往圣彼得堡，在那里被称作Julia Thorne，而且被洗脑，为了证明自己愿意效劳，她杀死了一名盟约的犯人。
Kendall的讲述让西德妮大为惊骇，但他说圣诞计划训练使得她免于叛变，她杀死那个人也是为了保护自己，骗过盟约。联系上Kendall后，他建议她继续保持Julia Thorne的身份，以收集情报。西德妮回忆起看到沃恩和劳伦在一起的痛苦，但是为了安全她不能与他相认。西德妮以Julia的身份和Simon Walker搭档寻找Rambaldi立方体。她得知专家Lazarey就快发现他们想要的手工艺品。盟约命令她一旦Lazarey找到立方体就下手干掉他。但Kendall要她与之达成协议一同合作，所以她伪造了杀死他的假象。
在返回的飞机上，Kendall表示他相信，西德妮正是Rambaldi的“头号选择"，盟约控制她和立方体就是为了实现预言。
第十二集：背叛（Crossings）
朝鲜的监狱里，西德妮和沃恩锁链缠身被带上火线前激情热吻。
背景：洛杉矶，CIA得知一个挂假名的国外经纪人帐户，用密码在股票名字里编写了一条情报：一名高级的盟约官员Leonid Lisenker想要叛逃。西德妮和沃恩扮成审计师去朝鲜去接应他。
沃恩打球的晚上，劳伦请西德妮出去吃饭，但他警告她不要和西德妮来往。稍后劳伦与盟约的特工Zisman秘密会面，和他谈了暗杀西德妮与沃恩的计划，劳伦犹豫后通知他他们将在多佛的机场登机，盟约特工给飞行员下了毒。飞机上沃恩的疏远态度和以后不愿再合作的话让西德妮十分生气。这时飞行员中毒身亡，飞机失控，西德妮与沃恩设法操纵飞机逃开了导弹追踪。飞机坠毁后两人得以逃生并躲开了朝鲜军队的搜捕。他们抢了一辆吉普，去接叛逃高官，西德妮承认了与威尔的关系。
杰克怀疑坠机是盟约所为，迪克松不顾违命愿意携小组相助，斯隆主动提出帮忙但杰克拒绝了，他联系到爱琳娜，得到指示去西德妮的寓所，在那里杰克见到了爱琳娜的姐姐Katya，她证实了西德妮活着的消息，表示愿意帮忙营救，并提出条件要他干掉斯隆。
第十三集：死亡木屋（After Six）
CIA，特工小组讨论了叛逃盟约的Lisenker那里得来的情报，他把一张微型磁盘藏在查默尼克斯一间不容易突破的度假木屋中，磁盘上名叫Doleac日程记录了六个盟约组织的详细内幕。西德妮和沃恩要装成钻石走私犯去雅典，寻求犯罪专家Toni Cummings的帮助，度假屋的保安系统正是他设计的。在杰克的反对下，西德妮让迪克松把沃恩换成了威斯。
杰克去见斯隆，后者原谅了他Katya事件。斯隆说爱米莉的离去给他留下了做再多善事也难以填补的空白，杰克建议他继续保持双重间谍的掩护。西德妮告诉CIA精神病学家Arnett博士，自己无法忘怀“精神伴侣"沃恩。
萨克告诉劳伦他知道她杀了他的父亲，还知道她也是盟约特工。他提议他们联手干掉六个盟约组织的负责人，偷到各自总部的钥匙，然后和盟约组织在圣彼得堡的总头目谈判，要求得到更大的权力，否则就把钥匙交给CIA。
雅典，西德妮和威斯诱使Cummings交出了木屋安保系统的示意图，但她告诉他们，根本无法通过那些致命的障碍。马歇尔开始工作。斯隆告诉心理专家，一个关于杰克父女两人的秘密让他难以摆脱。
第十四集：泄密（Blowback）
难以入睡的沃恩瞪着父亲的表，正停在他遇到西德妮的时候。沃恩离去后，劳伦的电话响起来。在CIA，迪克松给小组下达了新任务：菲律宾的恐怖组织闪剑弄到了一个等离子炸药的二代炸弹，正在运往欧洲。CIA从温哥华的一个数字存储设施跟踪到闪剑的传输。西德妮和沃恩去租下该设施的保管空间，并搜寻船运的详细档案。迪克松补充说，小组里的某人可以把这条情报通知给盟约组织。
西德妮和沃恩扮成天文学家来到设施所在地，偷偷下载了船运情报和等离子炸药的精确所在。把情报传给马歇尔的过程遭到病毒的破坏，沃恩和西德妮也遭到设施工作人员的袭击，但那人被神秘射杀。两人驾车追赶，杀手逃脱。回到洛杉矶后马歇尔告诉他们只收到63%的数据，需要12个小时才能推算出剩余部分。西德妮记起前一天正是沃恩父亲的忌日，劳伦的电话打断了两人的谈话。
苏黎世，斯隆向Barnett道歉并请她出去吃饭。她同意了，但“只是出于职业原因"。她认为他从间谍向人道主义者的转变非常难得，追问他的秘密，惹恼了斯隆，两人不欢而散。
马歇尔的文件显示，炸药在里斯本的一艘利比里亚货船上。沃恩和西德妮上船后再次遭到袭击。
第十五集：假象（Facade）
造弹专家Daniel Ryan炸毁了贝尔法斯特的一家银行，作为向盟约递交的一张名片，他的炸弹有“不可能拆除"之名。如果不能在48小时内与盟约达成交易，他将在美国再制造一起爆炸事件，以引起其他恐怖组织的注意。CIA得知盟约将在贝尔法斯特的一家酒吧约见他，他们派出了威斯和西德妮。
假扮成盟约特工的西德妮为了获取Ryan的信任，假意从前来绑架他的CIA手中救出了他。Ryan在CIA的大楼里醒来，屋内布置得与他将和盟约接头的酒店客房一模一样，这个计谋差点败露，但Lisenker出现为西德妮做了担保。Ryan接受了协议，并提出细节由萨克负责，他虽然没见过萨克，但知道他是盟约在北美的负责人。
沃恩装成萨克到来，Ryan告诉他具体计划将在一架由罗马飞往巴黎的航班上，由一个认识他的同伙交给他，只要那个人一见到萨克，第二次爆炸就会取消。CIA匆忙发布了公告，迫使萨克登上那班飞机，沃恩也在飞机上。但是那个同伙没有出现，也就是说Ryan想让萨克坐上这班飞机是另有企图。
第十六集：要胁（Taken）
劳伦的父亲Reed参议员来监看萨克受审。他要杰克他们必须问出萨克在盟约内拍档的身份，劳伦不同意对萨克施刑。
运送萨克去多佛空军基地的飞机在非洲的沙漠迫降，西德妮和威斯登机后发现飞行员和警卫都冻僵而死，萨克不知去向。萨克绑架了迪克松的两个孩子，并要求他们在48小时内完成不可能的任务：释放5名国际罪犯。迪克松要特工们找出内奸。马歇尔经过分析飞机上的录音，得知萨克逃跑前与某个“爱人"通过电话。CIA们跟踪他到了亚利桑纳州的诺盖尔斯。西德妮、沃恩、威斯和迪克松没找到孩子，反而落入陷阱，险些被炸死。
马歇尔从美国联邦航空局的数据库中发现，萨克的飞机是从瑞士Barnett博士的IP地址被泄露。杰克立即逮捕了斯隆。迪克松回到家后发现孩子安然无恙，盟约现在要求释放10名犯人。迪克松任命杰克担任组长，他私下告诉西德妮盟约的条件是假的，他们其实想要一件内华达沙漠里黑洞工事的Rambaldi物品。西德妮同意帮他把东西取回来。
第十七集：石阵（The Frame）
沃恩和西德妮来墨西哥城找寻开启Rambaldi盒子的钥匙，他和Kishell联系后得知盒子里装的是生化武器。1941年，两个苏联考古学家发现了“地图"，一块被腐饰的水晶透露了钥匙的所在。两人起了争执，最后死在卡鲁沙漠。Kishell有盟约头目Kazari Bomani在那里拿着水晶的照片，背景是一辆属于斯隆的人权主义组织Omnifam的卡车，Kishell说盟约把地图称作“乘客"。斯隆向西德妮解释说，CIA强迫他与Bomani做搭档，为的是接近盟约。他告诉她所有的Omnifam卡车都可以通过GPS跟踪到。
在餐厅里，沃恩想与劳伦分手，她认为是西德妮的原因，径直去找萨克，后者要她杀死她的父亲，这样Vaughn就会出于同情回到她身边。杰克对劳伦产生怀疑，打印出她的电话记录。在George Reed参议员家，杰克遇到了他的妻子Olivia。杰克向Reed透露劳伦的可疑之处，Reed被激怒了，坚决否认女儿有牵连。
马歇尔追踪Omnifam卡车到哈博罗内的俄罗斯领事馆。西德妮和沃恩乔装打扮混进领事馆，与萨克和Bomani展开枪战，并抢走了水晶。在返回的飞机上，沃恩告诉西德妮他和劳伦要分手。马歇尔无法破译水晶里数据。西德妮向斯隆求助，多亏他的建议，马歇尔发现了数据所指的是冲绳岛海滩的一个岩石阵。
第十八集：原形毕露（Unveiled）
迪克松要斯隆讲出Il Dire如何帮助盟约得到“乘客"。斯隆要求和杰克说话，迪克松表示他的死刑不会延期。
迪克松解释说，一种在柏林生成的电脑蠕虫病毒，以医院、实验室和大学为攻击目标，他们相信这是盟约所为。西德妮和沃恩去柏林的Goth夜总会去找一个叫Cypher的黑客，以便知道如何制止病毒肆虐。
在佛罗伦萨，萨克和Bomani用钥匙打开了Rambaldi盒子，原来盒子是一个精工细做的书写机器，在一卷羊皮纸上写出了预言。Bomani把它与病毒收集到的代码进行比较。萨克从劳伦那里得知CIA发现了Cypher，Bomani对劳伦的工作表示怀疑。
劳伦告诉身在柏林的沃恩，她会和母亲一起去英国把父亲的骨灰撒在多佛。西德妮找到了Cypher，可他还没来得及说话就中了枪，西德妮觉得远远看到了劳伦。Cypher死前把装有蠕虫源代码的装置交给了沃恩。
劳伦抢在Bomani知道她失败之前告诉萨克，她一定要在CIA复制之前把文件毁掉。斯隆告诉杰克两年前Reed参议员招他为“信任"工作，这是一个美国政府内部研究Rambaldi的组织，他想让杰克证明该组织的存在。
柏林的安全屋中西德妮告诉沃恩她看见了劳伦，他大为愤怒。劳伦出现伏在沃恩肩头哭泣，他注意到她戴着一枚式样古朴的戒指，她称来自家传。西德妮向Reed太太询问，得到证实。沃恩把Cypher的文件上传给马歇尔时，劳伦用戒指动了手脚，马歇尔告诉他们闪存的记忆被抹掉了。他认为是它遇到了电磁波，但他能够重建部分的源代码，并且发现病毒的目的是为了给盟约收集情报。
第十九集：沙漏（Hourglass）
在尼泊尔的寺庙里，前来调查“乘客"情报的萨克威胁Rambaldi僧侣Conrad，未获成功，Olivia Reed出现制服了Conrad，萨克趁机拿到关于“乘客"、名为“复位"的手稿。
杰克在网上和爱琳娜聊天，问到了“乘客"的事时，谈话突然被终止。沃恩向西德妮和杰克承认，劳伦是内奸。杰克说沃恩应该独自处理，所以他同意和劳伦见面的要求。
迪克松收到的情报说盟约绑架了Conrad。在塔尔沙漠，西德妮和沃恩中途拦截了押送队伍，混战中Conrad被萨克开枪击中，临死前他告诉西德妮“乘客是你姐姐"。
洛杉矶，杰克向西德妮透露，斯隆和爱琳娜有过私情。西德妮去探监，斯隆承认自己到达尼泊尔的寺庙前，从不知道与爱琳娜有个女儿。他拿到了DNA，可是从来没找到她。现在他想保护她不落到盟约手里。他请西德妮说服杰克不要隐瞒能证明他无罪的证据，杰克说他没有。
只有CIA“黑洞计划"的密钥能拼成“复位"。杰克设下陷阱，故意让劳伦知道马歇尔正准备用密钥解译“复位"。她果然中了计。
第二十集：血缘亲情（Blood Ties）
杰克告诉西德妮自己救斯隆是因为他得知司法部的部长Marlon Bell也是“信任"组织的人，而且想让斯隆死。
斯隆透露他发现了Rambaldi原文，里面包含了一种药剂的公式，可以让“乘客"独辟蹊径，从Rambaldia得出信息。他制出了药剂，但是没有效果。斯隆说如果盟约找到了“乘客"，就会给她服下大剂量的药，让她难以活命，所以他只想保护自己的孩子。西德妮问他是如何找到女儿的，斯隆打破了沙漏，露出一个绿色的亮球。
迪克松让威斯跟踪劳伦，并建议沃恩继续留在她身边以搜集情报，但是劳伦甩掉了威斯。前特工Thomas Brill告诉沃恩，他的父亲是一名Rambaldi信徒，当年从克格勃手中解救出还是小女孩的“乘客"，把她藏了起来，最后为了保护她而牺牲。
西德妮拿着绿色的小球，飞往华盛顿特区，这是一枚用在Rambaldi手工艺品上的电池，可以帮助找到“乘客"的下落。“信任"在史密森尼有一处戒备森严的冷冻保险库，藏着Rambaldi手工制品。萨克绑架了并拷打沃恩，想知道“乘客"的所在，劳伦看见后心痛不已，帮助他逃了出来。
西德妮在斯隆和杰克的帮助下混进史密森尼，拿到了Rambaldi制品。
第二十一集：遗赠（Legacy）
斯隆从Nadia手里拿过纸条，在板上拼成某种图表。趁他不备，Nadia用针扎了他并毁掉了Rambaldi药剂，但最终被他制住。他打电话给联络人让他发出更多药。
CIA截获了斯隆和联络人间的电话，得知药剂存放在一艘名为Novgorod 21的俄罗斯掩体中，那里曾经是苏联的Rambaldi研究中心。西德妮建议他们通过瓶子安装跟踪装置。
西德妮和沃恩到达后发现掩体被洗劫一空，药剂也不见了。他们发现录像文件记录了Nadia Santos童年时的资料。Katya Derevko带领俄罗斯卫兵抓住了他们，她透露自己是西德妮的姨母，并帮助他们逃跑。Katya为俄罗斯情报部门SRV工作，在圣彼得堡她汇报说劳伦和萨克拿走了药剂。原来爱琳娜离开杰克后，在俄罗斯的监狱里生下了Nadia，她年幼的时候还没完成信息的分析就被沃恩的父亲从实验室带走了。Katya一直在帮助爱琳娜寻找她的下落，听说斯隆抓住了她之后她们都十分担心。
萨克和劳伦把药发给斯隆以换取合作机会。斯隆很不情愿，但还是取出一剂药用在Nadia身上，以证明她就是“乘客"。
马歇尔经过分析，告诉西德妮药液中含有有毒的蛋白质，可以激活记忆，迫使Nadia再想起预言，这种基因记忆只存在于Rambaldi后裔的思想中。他们看了以前的录像带，Jong Lee博士给Nadia注射了针剂。迪克松说Lee正是俄罗斯“乘客"实验的负责人，他现在在古巴一个生化武器基地。
第二十二集：复苏（Resurrection）
西德妮故意在办公室里到处放的都是手机，从CIA的电脑里下载Rambaldi方程式，然后和萨克取得联络，原来她是劳伦假扮的。马歇尔问话时被她开枪击中。手机连连爆炸，她趁乱逃跑，沃恩紧追不舍也被打晕。
真正的西德妮受到Hank Foster的双重特工威胁分析，他相信她正是闯入CIA的人，指派她做文案工作，等待进一步调查。
沃恩告诉杰克他准备对劳伦实施报复。杰克告诉迪克松，让沃恩审问萨克，增强他心理上的恐惧。沃恩在盘问时大打出手，萨克交待出劳伦的下落。
西德妮给沃恩打电话，凭直觉感到沃恩知道了劳伦在哪儿。沃恩监视到劳伦在一个仓库里破译方程式，他拍下照片，然后意外出现痛打了她一顿，正准备用盐酸毁掉她的相貌前，他被人从后面刺中，倒在地上。
