X档案第9季(2001)的海报和剧照
X档案第9季于2001年上映。X档案第9季也被叫做X档案第九季, The X Files Season 9。
从极盛时期没落之后的《X档案》，平均每一集制作成本仍然高达400万美元，但收视却远不如前，难复往昔盛况。因此，福克斯电视台决定要停播这个剧集，第九季就是最后一季了。令人高兴的是男主角大卫-杜楚尼出演大结局，为《X档案》画上完整的句号。《X档案》的最后一集，无疑是大家最关心的，也是最有卖点的。自第八季以来，男主角穆德就成了一种象征，而最后一集他会完整地出现，与观众共同度过2小时，这似乎又回到了最初的《X档案》。
在第九季里，出现了超级战士(实际上就是外星人)、宇宙飞船，而外星人侵略地球的阴谋随着逼近大结局而越来越明显。
制作人卡特对于大结局的说法是，在整部剧集结束之前，他会为剧中人物安排一个令观众能够接受的大结局，至于地球最终是否会被外星人所占领，外星人的阴谋会否得逞，卡特则表示："这是一个非常敏感的话题，我们仍将采取《X档案》固有的演绎方式向观众做个交待。"
时至今日，播了九季的《X档案》只能匆匆结束了，虽然未必是大家所希望的结局，但至少保住了这个黄金剧组的颜面，不至于太过落寞，也算画下了一个完美的句号，而我们也要告别《X档案》了……
Nothing Important Happened Today 9x-01 氯胺疑魂（上）
Doggett不顾众人的阻拦坚持调查，他开始着手调查一个环保署职员死亡的案件。
穆德、斯考利逃避去深究隐藏在儿子背后的秘密，但道吉特不愿意放弃。
但斯考利发现威廉的确有些异常状况。
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Nothing Important Happened Today II 9x-02 氯胺疑魂（下）
Doggett发现政府利用在饮用水中加入经分子改造后的氯胺的方法来制造supersoldier。
道吉特的战友萨伦，被改造成一种可以在水下呼吸的超级战士。
道吉特和莫尼卡发现了FBI 中的线索，也发现了隐藏的新敌人。
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Daemonicus 9x-03 撒旦回归
一个研究撒旦的前大学教授现精神病人设计从精神病院中逃脱。
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Hellbound 9x-04 地狱旅程
一百多年前死去的一个人不停地转世，用剥皮的方法杀死由那一世里四个凶手转世的人。
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4-D 9x-05 镜像空间
一个人能自由地穿梭于平行宇宙，他在其中一个宇宙杀死了Monica，打伤了Doggett。
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Lord of the Files 9x-06 蝇
一个男孩因遗传而具有类似苍蝇的特殊生理结构，能招来虫子。
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John Doe 9x-07 心灵捕手
Doggett调查一个银行家来到墨西哥，他被清除了记忆。
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Trust No 1 9x-08 信任危机
Supersoldier骗取了Scully的信任，引诱Mulder出现，想杀死Mulder。
Scully和Doggett发现磁铁矿能杀死supersoldier。
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Underneath 9x-09 心魔
一个人具有双重人格，能化身为另一个人杀人。
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Provenance 9x-10 天命（上）
一个FBI探员来杀死Scully的孩子，另一个崇拜UFO的组织绑架了William，企图保护他。
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Providence 9x-11 天命（下）
崇拜UFO的组织绑架了William，Scully又找回了他。
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Scary Monsters 9x-12 幻想成真
一个小男孩会因为恐惧而产生幻想，这些幻想出的虫子能够真的把人杀死。
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Audrey Pauley 9x-13 再生情缘
一个医院的护工建造了一座医院的模型，医院中脑死亡的病人的灵魂都会停留在其中直到死去。
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Improbable 9x-14 寻凶记
一个凶手依据数字命理学的计算结果来选择受害人。
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Jump the Shark 9x-15 异类病毒
Lone Gunmen为了保护人们不被扩散的病毒感染而牺牲。
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Release 9x-16 解开心结
Doggett重新调查自己的儿子被害的案件。
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William 9x-17 母与子
怀疑是Mulder的人企图伤害William，Scully决定把William送给别人抚养。
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Sunshine Days 9x-18 美丽人生（阳光灿烂的日子）
一个拥有超能力的人因为孤独而用超能力幻想出30年代电视剧中的美满家庭。
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The Truth 9x-19 真相（上）
The Truth II 9x-20 真相（下）
Mulder闯入秘密军事基地而被控谋杀，众人合力帮Mulder逃脱。Mulder带Scully到新墨西哥寻找真相，证明外星人的阴谋。穆德和史考莉在途中遇到了一位印第安老人，老人向他们证实了外星人的存在，但是超级战士也追寻他们而来，老人死了。
晚上，M&S在旅馆中相拥而眠。
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