X档案第6季(1998)的海报和剧照
X档案第6季于1998年上映。X档案第6季也被叫做X档案第六季, The X Files Season 6。
电影后的X档案怎么演，是所有影迷及电视评论家关注的焦点。这季的风评呈两极反应，有人喜欢，有人不喜欢。这一季多些喜剧，应该是说有非常多喜剧，让人捧腹大笑。但欢笑之余还是不能忘了X档案有重责在身，本季中间有两集是全剧六年来的大剖析。另外，大卫杜可夫尼自编自导了一集X档案。
----------------------------------------------------------------------------
6X01 开端 The Beginning
核发电场的一个工作人员在回家路上开始发冷，到家后发现自己的手开始变得透明，第二天同事发现他被剖腹，自己也遭到了攻击，穆德认为是感染了病毒，然后外星生物从他体内破腔而出。
吉普森可以和生物联系，在他体内也发现了病毒。穆德和史考利被迫交出所有与X 档案有关的材料。
史考利发现那个病毒实际上存在于每个人体内，是一种外星基因的残存，只是吉普森的被激活了。
-------------------------------------------------------------------------
6X02 向前冲 Drive
一个人驾车在公路上亡命奔驰，他必须不停地高速移动来防止自己的脑子炸开。Mulder上了他的车子。
-------------------------------------------------------------------------
6X03 百慕达惊梦 Triangle
Mulder在海上找到了二战时期神秘失踪的Queen Anne号邮轮，船上的时间还是1939年。Scully和孤枪侠为找Mulder也登上了Queen Anne号，但船上的时间是当前。Scully吻了Skinner，Mulder吻了Scully，Scully打了Mulder，Mulder对Scully说I love you。
-------------------------------------------------------------------------
6X04 梦境（上）Dreamland
Mulder和一个五十一区的黑衣人互换了身体，进入到对方的生活中。别人都不知道。
6X05 梦境（下）Dreamland II
他们想办法把身体又换了回来，谁也不记得发生了什么。
-------------------------------------------------------------------------
6X06 亲蜜关系 Terms of Endearment
一对夫妇在产检时被告知胎儿头盖骨附近有反常骨质生长。孕妇梦到某个长角的人偷走了她的长角和尾巴孩子，醒来却发现是真的。妻子在被控非法堕胎时想起了那晚恶魔的脸正是他丈夫，在她告诉警察前他吸取了她的灵魂。
他事实上是个试图生下正常孩子的恶魔。一个恶魔变成普通人模样到处结婚试图有一个正常的后代，他的现任妻子是个女恶魔，她一心想要有一个恶魔的后代。他将灵魂还给了第一个妻子后死去。
-------------------------------------------------------------------------
6X07 雨王 The Rain King
一个混混戴尔在冰雹中被袭击导致失去了一条腿，而后他开始有了求雨的力量，并开始向干旱地区的人们收取下雨费。事实上是那个天气预报员认为是自己使戴尔失去了一条腿的内疚感而实践他的"预言"的。因为预报员的情绪可以影响天气，而大多是受暗恋女生的影响。
-------------------------------------------------------------------------
6X08 耶诞幽魂 How The Ghosts Stole Christmas
圣诞夜，Mulder拉着Scully来拜访一栋闹鬼的大房子。在房子里，一对几百年前在此徇情的情侣让他们经历了一次对彼此信任的考验。
-------------------------------------------------------------------------
6X09 心灵杀手 Tithonus
一个从死神的名册中被除去名字的摄影师，靠捕捉他人的死亡瞬间来寻求死神的重新眷顾。最终他如愿以偿，死神却对Scully背过了身体。
-------------------------------------------------------------------------
6X10 S.R. 819
Skinner的身体被注入了纳米机器人，他的生死全由Krycek一手掌握。
-------------------------------------------------------------------------
6X11 父与子(上) Two Fathers
手术中，病人的伤口流出了绿色的血液但迅速愈合。博士为了地球和外星人的混血计划（外星人来毁灭地球，地球为了自保提出这个计划）努力了二十五年，他和研究人员都被前来的外星叛军活活烧死了。癌人的前妻是这个计划中唯一的成功，组织为了这个计划不被叛军发现而企图杀了她。穆德的前女友，黛安娜也是癌人的手下。
6X12 父与子(下) One Son
这个组织的成员都交出自己的家人以此表示自己的忠诚，使外星人相信他们，也以此使他们可以实行外星人与地球人的混血种的计划，穆德的父亲交出了萨曼莎。
癌人的前妻被叛军杀了，和那些组织里的人及他们的家人一起。
癌人的儿子就是一直和穆德作对的史班德，在他母亲死后，将所知都告诉了穆德和斯考利，。癌人因为儿子最终还是相信了穆德，而杀了他。
-------------------------------------------------------------------------
6X13 美丽新社区 Arcadia
Mulder和Scully伪装成一对夫妇来到一个秩序井然的美丽社区调查居民失踪案，发现一切是由懂远东意念术的人用泥土创造的幻人所为。
-------------------------------------------------------------------------
6X14 水怪 Aqua Mala
佛罗里达的暴风雨把深海的一种生物带到了小城的排水系统中。这种只能在咸水中生存的生物能把人融解为水。5X15中的前X档案探员请MS来帮助解决这个问题。
-------------------------------------------------------------------------
6X15 星期一 Monday
Mulder每天醒来都回到同一个星期一，经历同样的事情却毫不知情。只有一个女子知道要逃离这无间地狱，必须改正一件错误的事情。
-------------------------------------------------------------------------
6X16 变形犬 Alpha
一名到中国寻找失落的王山犬的教授获得了变身成动物的能力，开始无法控制杀人的欲望。
-------------------------------------------------------------------------
6X17 穿墙人Trevor
一名囚犯在一场风暴中意外获得了身体穿越固体的能力。他逃出了监狱，想要找回自己的儿子。
----------------------------------------------------------------------------
6X18 爱情小说 Milagro
一个男人因为文思枯竭而徘徊，然后他掏出了自己的心脏，烧了它。
接连发生了几起心脏被凭空失踪的案件，穆德的邻居的文章中总能提前描述命案发生的过程。他的角色突然出现在他面前，并告诉他结局应该是斯考利死了。作家最终烧了自己的书稿，救了斯考利，但作家自己的心脏代替了斯考利的心脏被挖出。
----------------------------------------------------------------------------
6X19 难兄难弟 Three of a Kind
孤枪侠Byers自从1990年后就一直在寻找的那名女子现身拉斯维加斯。他们为她能摆脱阴谋和追杀，请来了Scully帮忙。
-------------------------------------------------------------------------
6X20 快乐人生 The Unnatural
5X15中的前X档案探员有个双胞胎兄弟，给Mulder讲了一个发生在1947年的故事，有关alien、赏金杀手、棒球，还有单纯的快乐。
-------------------------------------------------------------------------
6X21 田园之旅 Field Trip
北卡罗来纳州的布朗山附近长了一种蘑菇，通过释放出的孢子让人产生非常真实的幻觉，睡梦中的人却作为这些蘑菇的营养慢慢被消化了。
-------------------------------------------------------------------------
6X22 创世纪 Biogenesis
非洲象牙海岸发掘出了写有符号的飞船碎片，发现碎片的相关科学家纷纷被谋杀。这些碎片让Mulder脑海中听到无数声音并同痛不欲生。Scully发现碎片上的符号可能是人类的基因蓝图。Mulder被关进了精神病院。Scully来到象牙海岸，看到半埋在沙滩中的飞船。
-------------------------------------------------------------------------
