Shin seiki Evangelion Gekij?-ban: Air/Magokoro wo(1997)的海报和剧照
Shin seiki Evangelion Gekij?-ban: Air/Magokoro wo于1997年上映。Shin seiki Evangelion Gekij?-ban: Air/Magokoro wo也被叫做新世纪福音战士剧场版：Air/真心为你, kimi ni。
未知的年代，神给世人以天罚——第一次浩劫（First
Impact），七日七夜的洪水中只有两个人乘诺亚方舟活了下来。
1999年，冬月与碇唯在京都大学相识。不久之后，六分仪源堂和冬月相识。当时源堂和唯已经在交往中。源堂一边接近唯，同时也一边接触她背后的组织Seele。
2000年9月13日，第二次浩劫（Second
Impact）发生。在南极大陆上发生了一起给地球带来巨大浩劫的异变，造成海面水位上升、地轴扭曲。如同恐龙灭绝的传说，巨大的陨石撞击地球之后灰尘遮盖天空，造成全球性气温下降。经济崩坏、民族纷争、内战……，世界人口急速减少，只剩下原来的一半。南极，成为了宁静的残亡地域。人类，并未象恐龙那样灭绝，但复兴的工作，却无比严峻。
2001年，碇真嗣诞生，并且，所有EVA的驾驶员亦在这一年出生。
2002年，源堂和冬月为了调查第二次浩劫的起因前往南极。国联正式发表公告，称2000年9月13
日的世界规模的大灾害，是由于有超光速数倍的大质量陨石，冲击南极大陆所引致，其破害性相当于40亿年前的地球与小行星的撞击。但对于造成第二次浩劫的原因，却无人知晓。现实毕竟难以掩盖，在专家圈内，流传着一些保留下来的照片，在冲击造成的光影中，有一个巨人般的影像。也有在南极等地的幸存者称，在冲击波浪的中心，有数对巨大的翅膀。因第二次浩劫受到惊吓而陷入自闭状态的美里，被国联保护。
2003年，国联完成了对南极的调查，根据调查结果设立了位于箱根的人工进化研究所。冬月首次探访人工进化研究所，之后开始协助源堂。在人工进化研究所的地下有个广大的球形巨大空洞，而NERV本部就利用这个空洞而建造。此时，E计划始动，零号机也开始建造了。
2004年，进行了EVA启动实验，在幼小的真嗣面前，发生了事故，真嗣的母亲唯在实验中消失，拯救计划失败。自从唯的事件以后，没多久，源堂决定转移实行《人类补完计划》（在这之前的他们，其目的只是实行E计划而已）。
2005年，美里和律子在长野县第2新东京市的第2东京大学内相识，之后加持和美里相识。没多久，加持和美里开始同居。在地下庹洞的上方，第3新东京市开始建设。
2007年，美里和加持分手。
2008年，赤木博士完成了MAGI的基础理论。跟随着母亲尚子，律子加入研究所，成为主要执行人。
2009年，葛城美里加入研究所。
2010年，NERV的中枢电脑MAGI完成的当日，开发者赤木尚子在掐死第一个绫波丽后自杀。人工进化研究所经过改编，成为了新的秘密组织NERV。
2012年，在参拜母亲的陵墓时，真嗣在其父的面前逃离出走。自此以后一直到2015年真嗣都未曾和源堂见过一面。
2014年，第二个绫波丽转学进入第3
新东京市地壹中学校内。
2015年，使徒袭来！从第二次浩后经过了15年，人类总算能重新繁荣来。EVA已有3台可以实际使用了，而后也发现了三位14岁的少男少女可以担任EVA的驾驶员，人们不得不把未来的希望寄望在他们身上。面对重现的使徒们，肩上背负着人类存亡如此重大命运的少年们的战争现在开始了。
偶尔在网上看了这个文章后，终于搞懂了EVA到底在讲什么。决定有必要让大家分享。文章太长，要有一定的耐心，但看了之后你可以自豪的告诉别人你知道EVA到底说的是什么，所以值得你花耐心去看。
在地球的洪荒时代，天地精气孕集，阴阳交融，有名而自无名始，两仪生四象，四象生八卦......打住！反正经过复杂到没人说得清楚的物理化学反应后，地球上开始生长生命之树，一级一级地产生各种各样的生物，扩散于地球的陆地、海洋与天空，使天地之间充满了生机。终于有一天生命之树生长到了最顶点，阳气精华与阴气精华各自凝结成为Adam（亚当）与Lilith（利利斯），Adam是雄体而Lilith是雌体的最高形式生物。在他们“禁断的融合”后Lilith产生了一个“Lilith之卵即黑之月”，从中进而产生了十八个使徒，其中十七个获得了生命之果。不知是不是因为生命之树上生命之果只长着十七个，第十八使徒只能将就获得了智慧之果，因此A.T.Field的力量微弱，不足以维持一个总形态，只能分化瓦解以不同的形态存在着，这就是——人类。生命之树从此也不再存在，但生命之树中的“光和水”，即能量与传输物质，构成了人类的灵魂。最后生命之树只剩下一点点没烂掉的根根须
须，成为后世所称的郎基奴斯长枪。Adam、Lilith及二到十七号使徒均进入了休眠状态，而仍处蒙昧的人类则各奔前程，其中有一些智者还知道曾经发生过的事情，这些事情被作为传说写进了死海文书，或许还被写进了山海经也说不定的.......
时光飞驰，当年的第十八使徒——人类，足迹已经遍步地球，凭借智慧发展出高度发达的文明，并以世界的主人自居。然而“心的屏障”使人与人之间产生隔阂，心灵中充满冷漠与悲哀，孤寂感迫使人类开始寻找新的生存之道......公元1947年，在约旦溪谷的洞窟中，一些吉普赛人偶然发现了死海文书，震惊了考古学界。其破译工作持续了很多年，终于取得成功。其记载内容令人震惊，不但指出人类与使徒的起源，还指出将来某一时刻由Adam与Lilith所生的必将归还本体，重新生长出生命之树并产生新形态的生命体。在这一过程中，人类和使徒，哪一方控制Adam是至关重要的，因为遗传因子都从Adam而出（所以Adam也称作第一使徒、最初的人），控制Adam的一方回归Lilith之卵后，便可以成为新生命形态，或者说就是成为神，而失败的一方只有死亡（赢的一方尽管也得死但灵魂得到拯救呵呵）。因此在这个约定时刻到来之前，使徒一定会苏醒来与人类为敌，人类要顺利完成回归就必须在此之前消灭全部使徒。
为此目的，秘密组织Seele成立了，它的德文意思是灵魂，以基路议长为首，制订了人类补完计划的剧本，或称时间表，其下属执行机构为GEHIRUN（意为大脑），以后改称为NERV（意为神经）。Seele在全世界招收研究人员，其中有一名是在日本京都大学从事研究工作的女学生碇唯，在1999年她所写的研究报告引起了形而上生物学教授冬月的注意。同时注意她的还有一心要往上爬的六分仪源度，只用了几个月时间他就把唯泡到手，并由此也进入了Seele组织成为第十三位成员（这个数字注定他是背叛的犹大）。随着研究的深入，Seele在2000年向南极派遣了葛城考察队，但其中只有源度一人知道考察的最终目的.......
上帝说，我会回来的，当我回来时，我要毁灭这个世界！
挪亚遵从上帝的旨意建造了方舟，使地球上的生命从大洪水中存活了下来。这次大洪水是上帝的惩罚，被称为第一次冲击。从考古学的角度来说，远古确实有过一次毁灭了世界上大部分人口和许多史前文明的大洪水，并留存于世界上各个民族的传说中。
公元2000年8月，葛城考察队到达南极，他们发现的巨大人形生命体，实际上是Adam与Lilith的融合体。葛城的计划是攫取或控制Adam与Lilith的S^2机关，将Adam与Lilith分离并缩小后用于人类未来的补完计划。但是有件事他不知道，Adam与Lilith无论是融合还是分离都会释放巨大的爆炸能量和反ATField力，这就与核聚变与核裂变都会产生大爆炸与冲击波的原理一样，只是爆炸当量不同。所以尽管Adam与Lilith分离所造成的灾难不会灭亡全部人类，但却将杀死地球上的一半人口。而十六年后的第三次冲击是Adam与Lilith的重新融合，整个世界都将再劫难逃了。
一无所知的葛城继续他的分离实验，甚至将自己的女儿也带在身边。九月十二日，得到Seele指示的碇源渡携带资料离开南极，第二天实验便以一场大爆炸告终。强大的反ATField力唤醒了第二使徒，即那张模糊的照片上发出白光的巨人，它张开的巨大翅膀覆盖了整个南半球，魔鬼般的咆哮声中南极化为一片血海，巨大的海啸数小时内就淹没了大片陆地，使数以亿计的人丧生。在这场末日灾难中，只有葛城美理被其父亲奋力解救逃脱，碇源渡随后返回南极顺便救起了她。但碇源渡的主要目的是回收Adam、Lilith、第二使徒，只有朗基奴斯枪被留了下来（患上失语症的葛城美理被关在一艘南极考察船上近两年，似乎回收工作持续时间很长）。第二次冲击引起的连锁灾难直到2002年才渐趋平静下来。地球上的气候也变得怪异，如日本就变成全年皆夏，无论何时都听到蝉的叫声，这恐怕是因为地轴偏转的缘故。
Seele从死海文书中知道第二次冲击唤醒的不光是第二使徒，实际上所有使徒都已苏醒，只是它们还需要一段时间来积蓄能量（第二使徒就是因为能量不足而被制服）。Seele经过调查还发现，冲击发生那一天有一个孩子诞生时有奇怪的现象伴随发生，这个孩子的名字叫做渚薰，于是连忙将他监控起来。这个孩子尽管被教育成非常有修养有魅力的人，但是他时时刻刻都没有忘记自己的真实身份与诞生目的，那是他自由与死亡的宿命..........
亚当问上帝，为什么世间万物独有我如此孤独？于是上帝取他的肋骨制造了夏娃。
公元1997年2月23日，生物进化史上第一只体细胞无性克隆哺乳动物多莉羊诞生。
人类对自己手中拥有了神的力量感到害怕，但也有人喊出了踢翻上帝宝座的誓言：
God's
in
his
heaven,all
rights
with
the
world！——Seele座右铭
公元2004年，三岁的碇真嗣被带到位于箱根的人工进化研究所（GEHIRUN的对外名称）地下第二实验场，亲眼目睹了自己的母亲在初号机中化为次量子状态（同
